科学家序列船老鼠基因组的第一次

新西兰 - 澳大利亚合作已经产生黑家鼠(船或黑鼠)的第一个完整的基因组序列。

黑家鼠基因组测序

这个新的参考基因组 - 现已向国际研究人员 - 将赋予科学家对保护,发展和疾病预防的关键问题的工作。

船鼠已经造成物种灭绝和生物多样性急剧丧失在每个岛群在世界各地,包括新西兰,以及传播疾病,影响农业生产。

“这是新西兰的捕食免费2050目标的重要里程碑,说:”自由2050捕食的科学战略管理学教授丹·汤普金斯的限制,研究的主要资助者。

“这将加强在理解的起源和船舶大鼠分散今后的工作中,新的控制机制,物种特异性的毒素和帮助,这样的发展评估基因技术的技术潜力。”

基因组(一套完整的生物体的遗传信息)是使用组织从截留在靠近奥克兰怀塔克雷范围野生鼠产生的。

装配基于短读技术最初是在2015年末由奥克兰研究员,博士弗洛里安pichlmüller现在一个研究员基因组学奥特阿罗,协作基因组学和生物信息学平台,涉及九名新西兰大学和皇家研究机构的大学制作。

“了解这一物种的遗传结构,使我们能够研究大鼠如何适应不断变化的环境中,是什么让他们为世界各地的侵入大鳄如此成功,”医生说pichlmüller。

新西兰的科学家联手从CSIRO,澳大利亚国家科学机构的基因组和生物信息学专家,进一步完善与国家的最先进的分析方法和技术,只是最近成立于新西兰基因组的质量。

集体团队已经组建了迄今为止生产的最优质的哺乳动物基因组中的一个。

CSIRO Health & Biosecurity and SynBio Future 科学 Platform scientist, Dr Rahul Rane, who led the work from across the Tasman, said “the result of the collaboration is one of the most complete mammalian genomes currently available and has enabled new techniques to be transferred to New Zealand researchers.”

奥克兰副教授詹姆斯·拉塞尔博士pichlmüller的博士生导师和合作者的大学说:“所有这三个世界上最广泛和破坏性侵入啮齿类动物(小鼠,挪威鼠和船鼠)现在有自己的基因组测序,允许科研人员工作的长期,可持续控制解决方案“。

奥塔哥教授尼尔gemmell,在基因组学Aotearoa的一个主要研究者的大学,导致从新西兰结束的项目。他说,“与船鼠CSIRO的合作已经帮助基因组学奥特阿罗快速建立的新西兰研究人员的能力,以产生高品质的基因组组装,这样我们就可以更容易地在国内和国际造成重大研究计划。”

笔记为编辑:

•基因组上可用 NCBI(国家生物技术信息中心) 基因组数据库 - //www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/13128

•超过400个的哺乳动物有国际核苷酸序列数据库上发布的参考基因组,只有63但是(现在包括黑家鼠)是否齐全,足以被视为有代表性的基因组。挪威鼠 - 普通小白鼠 - 是第三个基因组被完全测序,小鼠和人类之后。有大约5,416哺乳动物世界。

•船鼠抵达新西兰的欧洲船只在19世纪,并在布什鹪鹩,品种Huia的灭绝有牵连,笑鸮,北岛和南岛匹欧皮/画眉,南岛kokako,南岛鹬和更大的短尾蝙蝠。他们行动敏捷登山者和最广泛和三个引进鼠种常见。

•博士的Rahul RANE描述CSIRO的长读基因组测序的方法,创建“高度精确的大积木”,其高 - C技术为“小和大LEGO块之间的桥梁”,这是用于组装染色体和拼凑的位置基因的基因组。包含基因细胞材料和DNA链恶化随着时间的推移,即使在存储。新技术已经从旧样品优化组织收集和提取DNA,并进一步帮助降低了研发成本。

•船鼠基因组含有约25,000个基因。

•选择用于基因组中的组织组件来自哪个同时携带性染色体(x和y,而雌性哺乳动物携带X染色体的两个拷贝)雄性大鼠。考虑到潜在的控制技术时,Y染色体就显得尤为重要。医生说RANE发现,弥补了Y染色体上的基因“就像是寻找大海捞针,在这种情况下特定的针。”

•新的基因组,预计将吸引国际利益。船鼠起源于东南亚。研究人员最近提出质疑长期持有的观点,即船舶鼠类携带鼠疫进入欧洲到14世纪。中间储物种的新感染症的哺乳动物从物质转移到人类(如冠状病毒covid-19)的作用是局部用的研究领域。

•新西兰政府的目标是从新西兰到2050年,因为对本地生物多样性的破坏性影响去掉三个品种引进鼠,负鼠和鼬类的。捕食免费2050的限制是提供联合资金,雄心勃勃的捕食者消灭行动和突破性科学一家政府所有的慈善公司。

•基因组学奥特阿罗是建立能确保新西兰九个合作伙伴的协作平台,是国际参与和基因组学的快速发展领域的顶尖(基因组,在细胞或有机体的全套遗传物质存在的研究)和生物信息学(对于理解生物数据的方法和软件工具的开发,从基因组学得到的)。

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